Дополнение к основному сюжету — начало февраля 999 года

Акацуки
Внутренний кризис в организации достигает своего апогея. В ходе диверсии Пейн получает огромное количество разрозненной информации о внутренних событиях в Конохе и снова сталкивается с Учихой Обито, который требует от него прекратить действовать опрометчиво и согласовывать дальнейшие планы. Однако Пейн получает конкретные подтверждения тому, что Итачи ведет свою игру, и в ней Обито скорее ему союзник. Но ситуация между двумя лидерами Акацуки остается раскаленной. Конан пытается убедить его вовсе не связываться с Учихами и продолжить их дело без них, что ведет к конфликту и между ними. Пейн решает убрать свою главную уязвимость - искалеченное реальное тело, что кажется практически невозможной задачей с огромными рисками.
Тем временем Пейн решает переговорить с оставшимися представителями клана Учиха, чтобы выяснить их лояльность. Однако и деятельность других Акацуки не стоит на паузе. Дейдара горит желанием проявить себя после позорного провала, а Сасори напротив, полностью погружен в попытки восстановиться. Дуэт творцов временно распадается. Хошигаки Кисаме, которого Итачи попросил сопровождать Саске пока тот собирает союзников, получает новое задание - и временного напарника. Дейдара и Кисаме отправляются для поддержки Хидана и Какузу в преследовании джинчурики Восьмихвостого и Двухвостого. Бой заканчивается потерями для обоих сторон, но цель достингута - Нии Югито захвачена. Пока часть организации занята охотой на джинчурики, другая часть - переговорами.
Пейн и Конан приходят к согласию перед встречей с Учихами и принимают общую позицию - попробовать сохранить все ресурсы и дать шанс, ведь они сражаются именно ради этого. Итачи ждет от этой встречи всего - от соглашения до боя, но оказывается не готов к искреннему разговору. Они общаются с Пейном по душам, пока напряжение между Конан и Ламиноко достигает апогея. Итачи и Пейну удается прийти к соглашению - цена мира это целостность Конохи, безопасность близких Итачи. Пейн же в свою очередь получает некоторые гарантии верности, однако его все еще беспокоит то, что Итачи планирует убить Обито. Они расходятся на нейтральной ноте, но до того все были готовы к бою. Встреча Ламиноко и Пейна при этом проходит более эмоционально, однако не из-за вопросов лояльности, а из-за теней прошлого девушки. Итачи тем временем накладывает на Конан отложенное гендзюцу, которое активируется если куноичи нападет на его семью.
Пока Акацуки беседуют, Пейн фоново сканирует территорию сенсорикой в поисках младшего брата Итачи. Оказывается, что он попал в беду - его отряд столкнулся с командой из Конохи, которая возвращалась с задания, а на хвосте у него - бывшие товарищи, Харуно Сакура и Хатаке Какаши. Ситуация патовая - Саске не может оказать сопротивления из-за того, что на нем печать, блокирующая его доступные техники.
Учихи и Пейн направляются на помощь. После столкновения Сакура и Какаши попадают в плен Акацуки, а также Пейн приглашает отступить и всех остальных, чтобы не разбираться между собой на границе Страны Огня. Акацуки, а также Саске с товарищами отступают в Амегакуре с помощью обратного призыва.
Учиха Итачи получает информацию о тайной миссии Какаши - передать ему информацию о том, что Цунаде ждет встречи с ним, а сам же рассказывает ему об истинном лидере Акацуки. Пейн же считает это столкновение исключительной удачей - ему в руки попадает медик, в котором он так нуждался. Параллельно, он предпринимает попытки ослабить возможное давление на Амегакуре. Пейн договаривается с Теруми Мэй лично о возможном нейтралитете, а также решает не только позволить Итачи говорить от их имени с Цунаде, но также вернуть Конохе Митараши Анко.
Пока организация готовится к запечатыванию Мататаби, Итачи и Саске, наконец-то, говорят обо всем детально. Правда, показанная Итачи, оставляет Саске в состоянии глубокого шока и дезориентации. Он не знает, куда ему идти - с товарищами из Конохи у него теперь мало общего, несмотря на то, что он практически рискнул жизнью, спасая Сакуру от Пейн. Говорить с пленниками у него нет желания, но и присоединяться к Акацуки - тоже.
Хатаке Какаши в плену попадает под пристальное внимание Пейна - тот получил подтверждение от Обито, что шаринган легендарного Копирующего когда-то принадлежал ему. Допрос получается обоюдным - Пейн не хочет прибегать к пыткам, ведь тогда добровольность помощи Сакуры будет сомнительна, что понизит и без того невысокие шансы на успех операции. Какаши узнает все, что привело самопровозглашенного бога, и даже угадывает его личность - Нагато, не Яхико, как думали все изначально. В свою очередь он рассказывает о собственных потерях - не подозревая, что его мертвый друг жив и является целью его задания.
Вскоре после запечатывания Пейн идет на смертельный риск и с помощью Харуно Сакуры и Узумаки Карин - и огромного количества удачи и чакры хвостатых - восстанавливает свое тело.
После этого Сакуру отправляют в Коноху с несколько исправленными воспоминаниями, а Какаши получает возможность действовать в стане врага более свободно.
Тем временем Обито встречается с Нагато, чтобы обсудить прогресс. Он раздосадован неудачей в Суне, и похищает Гаару лично, чтобы посеять хаос. Нагато также не радует его своеволием - они договаривались совершенно об ином. Однако в процессе подведения итогов, оба нукенина объединяются окончательно перед перспективой
того, что Зецу, которого они считают волей Учихи Мадары, играет против них.
Период нестабильности в организации, наконец, проходит,  союзы и планы обретают новую форму.

Амегакуре
На фоне вскрывшейся информации, полученной от Сасори в Конохе, и переданной Цунаде другим Каге, Амегакуре снова оказывается в уязвимом и нестабильном положении. С одной стороны Пейн является их лидером, но он же привлекает огромную угрозу. Он и Конан делают все, чтобы обелить деревню на мировой арене, оставив связь с Акацуки на уровне слухов. Ооноки, впрочем, не покупается на такую перспективу. Его АНБУ успешно проникают в деревню для выяснения ситуации, и лишь вмешательство Конан и Пейна не позволяют врагу ничего выяснить. Шиноби снова видят внешнюю угрозу - еще живы воспоминания о том, как Пять Великих Стран раздирали их страну на части. Амегакуре готовится к войне, но держит лицо на мировой арене. Они отправляют помощь в Страну Песка, а также отвечают положительно на запрос Сунагакуре насчет совместных разработок полезных ископаемых. На мировой арене страна якобы меняет свой курс и становится более открытой, но на самом деле шиноби Дождя готовы биться с чужаками до последней капли крови.

Конохагакуре
Сближение с Сунагакуре оборачивается трагедией. Во время миссии внутри страны погибает Яманака Ино. Цунаде отзывает своих шиноби - пока соглашения официально не вступят в силу, она отказывается рисковать своими людьми. После нападения Пейна деревня погружается в траур, но Цунаде не может упустить момент несмотря на горе. Она отправляет Хатаке Какаши с важным заданием - найти возможность связаться с Учихой Итачи. Она понимает, что Акацуки лихорадит изнутри, и собирается использовать это. Вместе с ним отправляются Хьюга Неджи, Тентен и Харуно Сакура. Новость о смерти подруги настигает Сакуру в пути. Она разбита этим событием, и вся миссия проходит в тяжелой атмосфере.
Тем временем на территории Страны Огня выполняются миссии силами шиноби Киригакуре, а на территории Страны Воды - силами шиноби Конохи. Горе и потери омрачают жизнь шиноби, но не прекращают ее. Джирайя перед тем, как отправиться в разведку, договаривается с жабами горы Мьебоку об обучении Узумаки Наруто мастерству отшельника. Это поможет сберечь его от опасности в виде Акацуки и сделать сильнее.
Деревня, ведомая твердой рукой Цунаде, восстанавливается даже несмотря на сложную ситуацию. Казекаге Гаара посещает ее, чтобы выразить соболезнования, а также поговорить с Цунаде лично. Ожидается, что этот его визит будет сопряжен с подписанием соглашений с дайме Огня. Юный Казекаге не настроен на полный вассалитет, однако у него очень мало вариантов, и Цунаде прикладывает усилия, чтобы убедить его в своих намерениях. После этого в Коноху приходит Теруми Мэй для неофициальных переговоров. Трое каге проводят совет. Очевидно, что Совет Пяти Каге пройдет очень напряженно в текущих реалиях.
Тем временем в Коноху возвращаются Хьюга Неджи и Тентен. Возвращаясь с миссии, команда Какаши заметила сразу несколько тревожных вещей - неизвестную куноичи, а также Хошигаки Кисаме. Кисаме двигался к точке встречи с Дейдарой, а куноичи оказалась Узумаки Карин, сопровождающая Учиху Саске. Неджи и Тентен удается собрать информацию, однако их замечают с воздуха нукенины, вынуждая спасаться и запрашивать подкрепление. Сакура и Какаши тем временем преследуют Саске. Какаши отправляет своих нинкен обратно в Коноху за подкреплением, но небольшая стычка превращается в большую свалку с участием Акацуки.
К моменту, когда нинкен передают информацию, шиноби Конохи уже оказываются в плену. Цунаде высылает Тензо, Сая, Шизуне и Узуки Югао, но когда они пребывают на место столкновения и не находят ничего, кроме погруженных в сон шиноби и Паккуна. Память о последних событиях у всех оказывается стерта, а стая нинкенов Какаши может лишь подтвердить часть событий - да, здесь был бой с Учихой Саске и его сопровождающими, потом кто-то вмешался, а после след обрывается. Никто не может сказать, куда пропали Сакура и Какаши.
Нинкены Какаши остаются в мире людей и пытаются найти хоть какие-то следы. К встрече с Итачи у Цунаде оказывается очень много вопросов.
Через некоторое время в Коноху неожиданно возвращается Харуно Сакура - стая нинкенов находят ее спящей у Храма Аматерасу. Она может точно сказать, что и Саске, и Какаши жив, и они находятся у Акацуки, однако ее воспоминания обо всем этом достаточно спутаны.

Отогакуре
Орочимару вернулся к власти во всем его великолепии - хотел бы он, наверное, так сказать, однако без нюансов не обошлось. Несмотря на то, что его тело перестало разрушаться, а его руки начали двигаться полностью, это не помогло ему с техниками - внушительная часть его умений так и осталась запечатана. Ультимативное оружие, которое он, наконец, смог призвать в виде Намиказе Минато - нестабильно. Большая часть души Минато запечатана в Шинигами, равно как и прочие Хокаге. Несмотря на то, что Орочимару каким-то образом удается пользоваться Эдо Тенсей, шиноби, наводящие страх на весь мир, ему практически недоступны. Помимо этого, Орочимару так и не получил внятной информации где именно Учиха Саске, а также часть его лучших подопечных. Его приоритеты неизменны - возвращение Саске и своих техник. Однако к этому добавились другие - месть. Учиха Ламиноко и Учиха Итачи достаточно переходили ему дорогу, и на путь к Саске он готов перешагнуть что угодно. Орочимару не спешит объявлять себя живым снова, выжидая и планируя заполучить себе долгожданные Шаринганы любой ценой.

Сунагакуре
Суна переживает далеко не лучшие времена. Гаара безуспешно лавирует между Великими Деревнями, стараясь выбить для своей деревни независимость. Он надеется на договор, который предлагает Кумо - по крайней мере, это не вассалитет, который ставит под угрозу суверенность вверенной ему деревни и сам положение Суны на мировой арене. Тем временем оппозиция все громе - молодого Казекаге обвиняют в том, что он не нашел общего языка с дайме, хотя он не имеет к этому никакого отношения. Большая часть противников лидера деревни пассивна - Гааре в прошлом успешно удалось подавить предателей, и новые стали осторожнее. Юура, бывший подчиненный Сасори, движимый пленом господина, собирает оппозицию вокруг себя. Он занимает видное положение в деревне, является опытным и рассудительным джонином, и его слушают. Но первая же операция по подрыву связей с Конохой проходил плохо - да, в ходе погибает Яманака Ино и Коноха покидает Суну. Однако исполнителей удается допросить и они, в основном из страха, указывают на Юуру как на вдохновителя. Ему приходится бежать. Старейшина Чие пользуется моментом и собирает оппозицию в кулак - больше нет желающих действовать поспешно. Ее не устраивает ни один из предложенных кандидатов, так и то, что Сасори не достался их деревне. Из всех она благоволит разве что Канкуро как продолжателю традиции марионеточного искусства. Быть может, если Канкуро удастся покорить марионетку Третьего Казекаге, она рассмотрит возможность поддержать именно его всерьез. Канкуро, впрочем, полностью лоялен брату. В свете последних событий, он вынужден вновь и вновь примерять на себя роль палача и дознавателя.
На переговорах с Конохой и Кири Гааре удается занять шаткое, но нейтральное положение, а также сместить фокус внимания на внешние проблемы. Суна начинает исследования по поиску месторождений в пустыне при поддержке других деревень. Но пока Гааре не суждено узнать о результатах. Пока он находится в Стране Огня, его похищает Учиха Обито. Исчезновение Казекаге потрясает Суну - это не первый глава деревни, которого настигает злой рок. Кто-то считает, что Акацуки все же добрались до него, кто-то - что это диверсия остальных деревень, а кто-то решил, что он попросту сбежал. Канкуро старается держать молодых шиноби подальше от всего этого, чтобы не разрушать у них представление о родной деревне окончательно.

Кумогакуре
На фоне колоссальных потерь в попытках защитить Нии Югито и погоне через целых четыре страны, Райкаге Эй выходит на тропу войны самолично. Его брат, Киллер Би, возвращается в строй очень быстро. Хоть Эй и пытается отправить его в безопасность на Остров-Черепаху, куда изначально следовал корабль, Би настраивает на попытке спасти джинчурики Двуххвостой. Однако этого не получается - Акацуки будто сквозь землю провалились. Райкаге удается выяснить и уничтожить некоторое количество их убежищ, но это все равно никуда не приводит. В итоге он убеждает брата все же отправиться на остров, а сам перераспределяет силы и начинает выходить на прицельную охоту по следам организации так часто, как только может. Кумогакуре снижает свое участие в будущующей на соседнем континенте войне - их главный интерес теперь уничтожить нукенинов. Эй готов даже лично отлавливать и убивать каждого из них. Впрочем, Амегакуре не слишком их интересует - даже если там и база организации, Эй предпочитает выманить Акацуки из гнезда, раз уж Пейн показал, что полезет за своими нукенинами даже в Коноху. Страна Молнии объединяет в единую коалицию мелкие страны вокруг себя.

Ивагакуре
Ооноки готовит страну к войне, однако маленькая Амегакуре вряд ли потребует много ресурсов. Ива - главный исполнитель заказов по ту сторону моря. Шиноби Ивагакуре успешно поддерживают Коалицию, зачастую являясь переломным фактором на поле боя. Дайме Земли не заинтересован в мирном соглашении с Империей, скорее наоборот - планирует оказывать всяческую поддержку ее врагам. Тем временем ему начинают поступать сомнительные и тревожные сведения о загадочной терракотовой армии, неуязвимой и бессмертной. Отряды, направленные в Страну Дождя, не возвращаются - здесь ничего не меняется, однако Ооноки заходит со стороны торговых соглашений и через Страну Медведей, чтобы собрать информацию окольными путями. Старик остается подозрительно недоверчив как к Суне, так и Кири, и особенно Конохе, но последние события открывают ему двери влияния на Страну Ветра и Суну. Ооноки расчетлив, это не первая его война. Он планирует все ходы наперед и не верит никому. Однако правила игры уже давно изменились.

Киригакуре
Теруми Мэй продолжает укреплять свою власть. После договоренностей с Суной и Конохой, Кири занимает максимально нейтральную позицию - в их водах разгул пиратства, да и на соседнем континенте крайне неспокойно. Страна Воды станет первой целью новых захватов, как передают сводки. А также Мэй поступает странное предложение о нейтралитете и чуть ли не о мире - от Пейна собственной персоной. Она не склоняется на его уговоры, однако и без того не планировала сражаться с Амегакуре лично. Мэй ставит условие - о чем-то большем они могут договориться только если Пейн уладит это с Конохой. И уж точно только с Амегакуре. В качестве жеста доброй воли Акацуки возвращают часть украденных народных средств - символический жест, который укрепляет позиции Теруми среди своих шиноби. Также она пользуется предложением использовать нукенинов в качестве мясорубки для противников ее власти. Хвостатые звери не интересуют Теруми - ее цель процветание ее деревни, ее людей. Вечной войной этого не добиться.

Акума но Тейкоку
Империя Демонов продолжает захватническую войну, однако Коалиция сражается до последней капли крови. И денег. Они нанимают шиноби, и сражаться с ними с помощью обученной, оснащенной, но все же обычной армии, непросто. Несмотря на это многие Верховные Лорды вводят в оборот огнестрельное оружие даже для пехотинцев. И это действительно становится опасным - пуля не кунай, и далеко не каждый шиноби способен выжить под массированным обстрелом. Вооруженные пушками суда, передвижные орудия - новая война совсем не похожа на старую. К тому же, Империя размещает заказ Акацуки. Последние, впрочем, собирают все доступные задания в регионе, возвращая себе репутацию безжалостных и беспринципных наемников. Коалиция официально запрашивает военной помощи у всех Великих Деревень - и после у всех деревень в мире. Моурё - общий враг, обладающий невероятной силой. Его культ распространяется, рассказы о способностях уровня каге, дарованных за верность, распространяются как пожар. 

Мир
Все больше и больше стран прекращают жить в мире и согласии - как будто спокойные годы были затишьем, а буря все ближе. Война стран Клыка и Когтя, полыхающая в гражданской войне страна Песка, захватническая война Империи Демонов, действия Акацуки - и на фоне этого все больше и больше локальных конфликтов. Странные религиозные культы поднимают головы то тут, то там. Шиноби все чаще получают задания на устранение, диверсии, военные операции. Мир близится к переменам в очередной раз. Все чаще висит в воздухе вопрос - сколько осталось до Четвертой Мировой Войны?

Игровой период
Новые сюжетные события начинаются с апреля 999 года (таймскип). Основная игра идет в периоде с февраля до апреля 999.