Перемирие, воцарившееся с окончанием Третьей Мировой войны Шиноби длится до сих пор, позволяя странам наконец-то заняться собственным развитием и внутренними реформами. Однако над миром нависла угроза. На Восточном Континенте начинает поднимать голову новое государство-империя, Акума но Тейкоку, захватывая близлежащие государства. Так же организация акацуки, которая ранее занималась лишь выполнением заказов различной степени сложности и тех, за которые не бралась ни одна деревня, приступила к поимке Биджу. Это кидает тень на мирную эпоху и грозит тем, что вскоре возникнет новый вооруженный конфликт. Над решением этого вопроса задумываются главы селений Великой пятерки, а также правители более мелких государств, которые озабочены своим положением еще сильнее, чем Великие страны.

Конохагакуре

После возвращения Наруто Узумаки в Коноху, деревня Огня оказывается в эпицентре множества угроз. Несмотря на временное восстановление после нападения Орочимару и союз с Суной, угроза со стороны Акацуки и таинственной Акума но Кенкоку вынуждает деревню оставаться в постоянном напряжении.
Коноха продолжает восстанавливать силы после прошлых потерь. Пятая Хокаге, Цунаде, сосредоточена на укреплении внутренней безопасности и подготовке шиноби к возможным конфликтам. Были созданы дополнительные команды для защиты границ и патрулирования окрестностей, а также сформированы специальные подразделения для борьбы со шпионами и вражескими диверсиями.
Данзо осторожно реагирует на ситуацию, видя угрозу в новопоявившейся Акума но Кенкоку. Он отправляет разведывательные группы на Восточный Континент. Так же он подготавливает почву для того6 чтобы в грядущем хаосе получить возможность подорвать авторитет Цунаде и поэтому активнее взаимодействует со Старейшинами, чтобы заручиться их поддержкой в восшествии на пост Хокаге.

Акацуки

Акацуки, под руководством Пейна и теневым руководством Обито, продолжают свою стратегию по захвату хвостатых зверей. Однако появление Акума но Тейкоку и усиление Конохагакуре заставляют организацию скорректировать свои планы.
Пейн видит угрозу со стороны Моурё и Йоми, опасаясь, что новая сила может нарушить баланс страха, который он стремится создать. Он приказывает усилить действия по захвату Джинчуурики, пока Конохагакуре и другие великие деревни отвлечены угрозой с востока.
Обито, действующий из тени, наоборот видит в ситуации возможность ослабить Конохагакуре и манипулировать конфликтом. Он вступает в контакт с Йоми, предлагая потенциальный союз, одновременно планируя использовать хаос для захвата новых хвостатых зверей и достижения своей цели – Муген Цукуеми.

Отогакуре

Орочимару продолжает действовать в тени, скрываясь от Акацуки и Конохи. Его основная цель остаётся неизменной — достичь бессмертия и овладеть всеми техниками мира. После неудачи с попыткой заполучить тело Учихи Итати, он переключает своё внимание на Саске Учиху, считая его идеальным сосудом.

Акума но Тейкоку

Некогда Страна Демонов под предводительством Йоми, который теперь является сосудом Моруе, провозглашает себя Империей. Моурё — древний король змей, связанный с мифической пещерой Рьючи, который в высшей степени овладел искуством Сендзютсу, из-за чего стал равным по сили Биджу и приобрел демонический облик. В прошлом он стремился к мировому господству, но был запечатан могущественной жрицей по имени Мироку. Однако со временем печать ослабла, а жрица погибла, что позволило демону частично освободиться. Хотя его тело всё ещё запечатано в Стране Болот, его дух вновь обретает силу, управляя событиями через Йоми.
Йоми, будучи его преданным последователем, уже завоевал Страну Ключей, Страну Красной Луны и Страну Лис, подчинив их как военной, так и политической мощью. Но Моурё изменился. Долгое заточение научило его действовать не только грубой силой, но и манипуляцией, дипломатией, разделяя и подчиняя народы хитроумной политикой.