Дополнение к основному сюжету — конец января-начало февраля 999 года

Акацуки
Акацуки возвращаются к поискам Однохвостого после запечатывания Роши, однако драгоценное время потеряно, и Казекаге получает подкрепление из Конохи. Совместными усилиями команды Конохи и Суны устраивают засаду и атакуют Сасори и Дейдару, но внимание организации сосредоточено совсем в другой точке.
Учиха Ламиноко и Кисаме убивают Орочимару, возвращают организации его кольцо. Учиха Саске присоединяется к ним, чтобы встретиться с братом. Зецу забирает с поля боя раненых Кабуто и Гурен для собственных целей. 
На следующий день братьев Учиха ждет непростой разговор — Итачи решает открыть брату правду об уничтожении их клана. Саске не верит ему до конца, но все же присоединяется к Итачи и Ламиноко в атаке на Шимуру Данзо. Вместе, Учиха убивают его. Итачи, наконец, удается положить конец этой тьме и отомстить за свой клан.
В это время руководство Акацуки занято решением внутреннего кризиса — Учиха Обито недоволен решением Пейна разрешить Итачи уничтожение Данзо, а сам Пейн призывает Обито к ответу, получив информацию от собственных шпионов о возможном сотрудничестве его и Данзо. Теневому лидеру приходится пойти на уступки и открыть свое истинное имя и еще некоторую информацию, чтобы вернуть доверие лидера Акацуки и перенаправить его внимание на Итачи.
Пейн теряет сигнал от колец Сасори и Дейдары, а после того как Зецу обнаруживает кольцо Сасори на месте сражения в Ветре, он признает нукенинов мертвыми. Пейн поручает Кисаме присмотреть за младшим братом Саске, а сам отпускает Итачи и Ламиноко отдохнуть, позволяя им остаться в стороне от активных действий, чтобы разобраться со всеми недосказанностями лично.
У него появляется план как найти ответы на все свои вопросы по поводу Учиха и закулисной войны. Ночью с 27 на 28 января Пейн нападет на Конохагакуре.
В ходе сканирования местности он обнаруживает Дейдару и Сасори — живыми. Он меняет план проникновения на агрессивное вторжение. В результате нападения ему удается спасти нукенинов, а также получить информацию от Морино Ибики и старейшины Митокадо Хомуры. Однако действия защитников Конохи вынуждают его отступить.
Выяснив, что память Сасори, старейшего члена организации, оказалась в распоряжении Конохи, он действует на опережение, предпринимая ряд действий по дестабилизации ситуации в Пяти Великих Странах.
30 января Зецу доставляет письмо от него в Кумо, Кири, Иву и Страну Железа, провоцируя их на действия. Это ведет к тому, что Какузу и Хидан теряют зацепку в охоте на Югито Нии, но получают другую — сразу на двух джинчурики Кумо. Пейн же прибегает к еще одному средству сделать ситуацию в мире сложнее — воскресить недавно убитого Акацуки Орочимару.
Несмотря на интенсивные действия в этот период, Акацуки не торопятся охотиться на других джинчурики, особенно Узумаки Наруто, все еще продолжая решать внутренние проблемы.

Конохагакуре
Скрытый Лист потрясает скандал — после убийства Шимуры Данзо в распоряжении Пятой Хокаге оказываются данные о Корне. И не просто так, а от самого Учихи Итачи. Пятая Хокаге немедленно созывает собрание джонинов, на котором старейшины объявляются предателями и подлежат аресту. Данные о теневой деятельности Корня тщательно исследуют, а причастных к незаконным действиям задерживают. Шиноби Корня также подвергаются арестам и проверкам. Конохагакуре занимается внутренними чистками, а Цунаде держит ответ перед даймё о ситуации.
Однако политика не ждет — Цунаде приходится отправить свою помощницу Шизуне, чтобы помочь Сунагакуре пройти период кризиса по просьбе Гаары.
После сражения в Стране Ветра, пленных Акацуки отправляют в Коноху, а Шизуне с помощью Нара Шикамару выясняют, насколько серьезна ситуация между даймё Ветра и Сунагакуре.
По прибытии Акацуки оказываются в отделе дознания, где удается узнать немного информации про организацию и ее лидера — Пейна. Джирайя узнает, что это его бывший ученик, Яхико, которого он считал давно погибшим в конце Третьей Войны Шиноби. Коноха узнает о связи Акацуки с Амегакуре. Цунаде же занимается не только политикой собственной деревни, предлагая даймё Огня решение ситуации с Сунагакуре. Даймё Огня с энтузиазмом принимает один из вариантов решения, который ведет к дальнейшему укреплению Конохагакуре. Он и даймё Ветра начинают планировать проект нового союза.
Этой же ночью на Лист нападает Пейн. Деревня дает отпор под руководством Цунаде — это уже второй кризис, который ей приходится пройти как Хокаге. Все заканчивается уничтожением трех кварталов, огромным количеством раненых и убитых.
Но политика все еще не ждет. Цунаде информирует Великие Страны о нападении. На этом фоне Коноха и Кири идут на сближение, проводя пробные миссии на территории друг друга. Цунаде отправляет Джирайю на разведку, чтобы собрать больше информации об Империи Демонов.
Действия Пейна по дестабилизации ситуации в стране не приводят к значимому эффекту — Конохе хватает сил справиться с возросшим уровнем преступности без проблем.

Сунагакуре
Казекаге Гааре не позавидуешь — мало того, что на него охотятся Акацуки, так даймё Ветра информирует, что через полгода прекратит финансирование деревни. Гаара обращается за помощью к Цунаде, что и без того обостряет ситуацию. Он информирует других Каге о том, что Акацуки охотятся на него, но ему практически никто не собирается оказывать поддержку.
Совет Суны считает, что в испорченных отношениях с даймё виноват сам Казекаге, однако народ Сунагакуре безоговорочно верит в него, видя, что он делает все для сохранения деревни.
Узнав о нападении на Конохагакуре, Гаара планирует личную встречу с Цунаде, он доверяет ей и готов с ней сотрудничать и далее. Коноха передает оперативные сведения, полученные после допроса Сасори, Суне, и однако советник Юура избегает ареста.
1 февраля всем мировым лидерам становится известно, что даймё Ветра отказывается от Сунагакуре.
В Сунагакуре и Стране Ветра то и дело возникают беспорядки вызванные сетью шпионов Сасори оставшейся на территории, которую Пейн направил на дестабилизацию ситуации в стране. Система не справляется и инциденты приводят к потерям. Материальным и человеческим.
Против Гаары сформировалась оппозиция вокруг старейшин Чиё и Эбизу. Но старики ничего не предпринимают и оппозиция тихо копит недовольство, не выражая его открыто. Гаара всё еще в неведении насчет ситуации с оппозицией, как и все его окружение.

Кумогакуре
Кумогакуре не верит информации от Гаары, что Акацуки охотятся за ним, Эю просто нет до этого дела. Однако когда информаторы доносят о том, что даймё Ветра собирается отказаться от скрытой деревни, Кумо узнает об этом первыми. Они видят возможность получить выгоду от ситуации и отправляют в Суну посланника с предложением о двухстороннем союзе деревень.
Эй получает информацию о нападении на Конохагакуре, куда включены описания нападающих и их способностей, а также информация про Дейдару и Сасори. Спустя несколько дней он получает письмо от Пейна. Он верит, что это письмо действительно от лидера Акацуки, но при этом воспринимает это как наглую провокацию, приписывание себе чужих заслуг и абсолютную ложь. Он в ярости рвёт его на куски, включая приложения с данными о Конохе, и распоряжается докладывать о любых замеченных движениях Акацуки как можно быстрее.
Он так же приказывает уничтожать всех, кто хоть как-то связан с Акацуки. После этого письма, он верит тому, что несколькими днями ранее писал ему Гаара, о том, что Акацуки охотятся на джинчурики. Это приводит его в бешенство и он распоряжается отменить миссию Югито Нии, а так же отправить её на остров-черепаху вместе с Киллером Би. Им дают усиленное сопровождение. Райкаге остается только ждать и готовиться.
Кумо считает Акацуки основной угрозой, однако наряду с этим они считают соперниками Иву и Коноху. Кумогакуре продолжает свою милитаристскую политику, смещая фокус в сторону защиты биджу. Дезинформация не работает, шиноби сплочены общей угрозой и не верят слухам.

Ивагакуре
Ооноки считает письмо от Гаары хитрой политической игрой, не верит, что за ним охотятся Акацуки. Узнав информацию про то, что Суна лишается поддержки от даймё Ветра, Ива занимает выжидательную позицию. Письмо Пейна и нападение на Конохагакуре меняет ситуацию — чаша терпения Ооноки переполнена. Все свободные шиноби Ивагакуре присоединяются к поиску информаторов и самих Акацуки. Ивагакуре готовит план по проникновению в Амегакуре, для определения достоверности информации от Хокаге. Разведанные от Пейна о Конохагакуре также начинают проверять.
Вал слухов, запущенный шпионской сетью дает свои плоды практически сразу. Недоверие Конохе возрастает геометрически, все чаще слышен вопрос, не затеял ли это все сам Скрытый Лист чтобы ослабить других.

Киригакуре
Теруми Мей, после взаимодействия Киригакуре с Акацуки и вскрывшемся факте контроля над Ягурой, охотно верит сообщению Гаары. Мей не верит, что письмо отправил лидер Акацуки, однако передает разведанные на проверку. Сама же она направляется в Коноху лично. Информация о том, что даймё Ветра отказывается от поддержки Сунагакуре, заставляет ее после направиться на встречу с Казекаге.
В это время бывшие ученики джинчурики Шестихвостого Утакаты планируют попробовать вернуть его обратно в деревню.
Попытки Пейна дестабилизировать ситуацию под контролем с помощью шпионской сети проваливаются, сеть теряет множество членов. Количество нукенинов возрастает, часть бывших агентов пытается встроиться в систему обратно, проводятся чистки. Количество сторонников возвращения Кровавого Тумана тоже растет.
Официальная Киригакуре тяготеет к Конохе, продолжая считать Акацуки одной из главных угроз.

Акума но Тейкоку
Даймё Стран Болот, Леса, Птиц, Долин и Древесины проводят встречу и заключают оборонительный союз против угрозы со стороны Империи Демонов. Вторгшиеся силы Империи Демонов во главе с бывшим шиноби Листа Хируко свергли династию Даймё Страны Песка, захватили столицу и установили контроль над страной. Сама же империя Демонов подписывает договор с дайме Ветра о ненападении — теперь под угрозой оказываются соседние страны, экспансия продолжается.
Империя Демонов внимательно следит за ситуацией в мире, и после нападения на Конохагакуре выставляет на черный рынок контракт по уничтожению Ивагакуре, зная, что Акацуки — самый крупный игрок на рынке, способный его взять.
Страна Песка сопротивляется захватчикам изо всех сил — разворачивается масштабная подпольная компания по диверсионной деятельности и убийстве захватчиков. На фоне восстаний, Империя Демонов грабит страну.

Страна Железа
Получив письмо Гаары, Мифуне, который располагает независимой сетью информаторов, выражает Казекаге поддержку. Мифуне получает письмо Пейна после нападения на Коноху, но не верит, что оно от лидера Акацуки, однако передает разведанные на проверку — ему Пейн передает практически все о преступлениях Конохагакуре в Третью войну шиноби и последние годы. Мифуне планирует собрание с даймё стран Водопадов, Травы, Снега, Мороза, Горячих Источников и Рисовых Полей для обсуждения ситуации.
Страна Железа перекрывает границу для всех шиноби. Все действующие на территории шиноби выдворены за границу. Мифуне считает Акацуки ужасным дестабилизирующим фактором и не желает видеть ни одного из них на своей территории. При обнаружении Акацуки — задача самураев уничтожение.